Один из наиболее ярких и талантливых командиров. С первых дней был в карабахском движении. Самвел Бабаян участвовал в боях на самых трудных участках. Практически не было такого участка фронта, где не побывал Самвел Бабаян. Не отягощенный академическими военными знаниями, принимал смелые и неординарные решения. Несмотря на свою молодость (1965 г.р.) он уже в 92 назначается на командные должности, становится командующим армией (1992г.), а в 1995г. министром Обороны НКР. По словам Аркадия Тер-Тадевосяна (Командос) "Само – командир от Бога”. 
За исключительные заслуги в организации защиты Нагорно-Карабахской Республики, проявленное мужество и личную отвагу Самвел Бабаян был удостоен высшего звания НКР - "Герой Арцаха”, с вручением ордена "Золотой Орел”. Бабаян вернул эти награды в 1999г. в знак протеста. В 1999г. освобождается от должности министра обороны и командующего армией обороны НКР. В 2000г. заключен под стражу по обвинению в организации покушения на Президента НКР Аркадия Гукасяна, был приговорен к 14 годам заключения. В 2004г. помилован президентом НКР Гукасяном.